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檔案法第2條第4款明定機關檔案為「由各機關自行管理之檔案」，另依檔案法第8條第1項、第2項及其施行細則第10條與機密檔案管理辦法第5條之規定，除機密檔案目錄不予彙送公布外，各機關(含公立學校及公營事業機構，以下同)應編製檔案目錄，定期送交檔案管理局彙整公布。惟檔案實體仍在各機關，申請應用機關檔案，請洽各檔案管有機關。
◎機關檔案查詢
欲查詢各機關管有檔案，可以利用「機關檔案目錄查詢網」 ，在「檔案目錄查詢」項目中，於「簡易查詢」或「進階查詢」輸入關鍵字，以查詢所需之機關檔案目錄。
●機關檔案目錄查詢網目錄查詢說明
◎機關檔案申請
依上述方式找到所需之機關檔案目錄後，可由系統功能自動列印檔案應用申請書，或下載空白申請書，填妥個人基本資料及簽名後，以親自持送或書面通訊方式向該管機關(構)申請檔案閱覽、抄錄或複製。依檔案法第19條規定，各機關於收到申請書後，應自受理之日起30日內，以書面通知申請人審核結果。