第一組業務
1.各項傳染病防治
2.預防接種與指導
3.優生保健（含婦幼健康與兒童保健）
4.中老人病防治
5.癌症防治（含口腔、大腸、子宮頸及乳癌等四癌篩檢）
6.慢性病代謝症候防治（含糖尿病共同照護網）
7.社區健康營造
8.健康促進（含老人及職場健康促進）
9.長期照護
10.社區心理衛生
11.老人假牙、菸害防制戒菸服務及衛教宣導
12.緊急災害應變及CPR教育訓練
第二組業務
1.醫療機構開、執業、變更、歇業申請登記
2.藥事人員執業、變更、歇業登記
3.藥商、藥局登錄及變更登記
4.美容美髮業營業衛生稽查輔導
5.游泳業、浴室業營業衛生管理
6.加水站衛生管理、輔導
7.食品業者衛生自主管理及分級標章認證申請
總務室
1.人事
2.出納
3.總務
4.財產管理
5.公文收發